電子帳簿保存法に対応したシステム改修の進め方｜既存システムで対応する方法

電子帳簿保存法への対応として、新しいシステムを入れるべきか、今使っている販売管理や会計のシステムを改修すれば足りるのか――。電子取引データの保存が義務化されて以降、とりあえず「共有フォルダに保存」「事務処理規程で対応」でしのいでいる企業も多く、本格的なシステム対応をどう進めるべきか悩む担当者は少なくありません。

この記事では、電子帳簿保存法に対応したシステム改修の進め方を、既存システムで対応する方法を中心に解説します。2026年10月時点の国税庁の公表資料に沿って、3つの保存区分と要件、既存システムで足りる部分・足りない部分の見極め方、改修の手順と費用の目安までを整理します。

電子帳簿保存法とは？システム対応で押さえる3つの区分

電子帳簿保存法とは、税法で保存が義務づけられている帳簿や書類を、一定の要件のもとで電子データとして保存することを認め、あわせて電子でやり取りした取引情報の保存方法を定めた法律です。システム対応を考えるうえでは、次の3つの区分を分けて考えることが出発点になります。

このうち、法人・個人事業者を問わず対応が必要なのは電子取引データの保存です。2024年1月以降、電子で受け取った請求書などを紙に印刷して保存するだけでは要件を満たさなくなりました。一方で、帳簿の電子保存やスキャナ保存は、選択すれば要件を満たして保存できるという任意の制度です。

電子取引データ保存の要件（2026年10月時点）

国税庁の一問一答（電子取引関係、令和8年7月更新）によると、電子取引データは次の要件を満たして保存する必要があります。

真実性の確保（改ざん防止）：いずれか1つ

• タイムスタンプ付きで受け取る：取引相手がタイムスタンプを付与したデータを受け取る。
• 自社でタイムスタンプを付与する：受け取り後、速やかに（または定められた期間内に）タイムスタンプを付ける。
• 訂正削除の履歴が残る・できないシステムで保存する：訂正や削除の記録が残るシステム、または訂正削除ができないシステムで授受・保存する。
• 事務処理規程を定めて運用する：正当な理由のない訂正・削除を防止する規程を作り、そのとおりに運用する。

可視性の確保（見られる・探せる）

パソコン・ディスプレイ・プリンタなどの表示環境を備え、システムの概要書などを備え付けたうえで、取引年月日・取引金額・取引先の3項目で検索できるようにしておく必要があります。日付や金額は範囲指定でき、2つ以上の項目を組み合わせて検索できることも求められます（税務職員のダウンロードの求めに応じられる場合は、範囲指定と組み合わせは不要）。

既存システムで対応する方法

電子帳簿保存法への対応は、必ずしも新しいシステムの導入が必要なわけではありません。今使っている販売管理・受発注・会計のシステムに機能を足すことで対応できる場合も多くあります。まず、自社の書類の流れを整理し、どこに不足があるかを見極めましょう。

パターン1：規程と運用で対応し、システム改修は最小限にする

取引件数が少ない場合は、事務処理規程を定め、ファイル名に「日付_金額_取引先」を入れて共有フォルダに保存する、または索引簿（一覧表）を作る方法でも要件を満たせます。システム投資はほぼ不要ですが、手作業が担当者に依存しやすく、件数が増えると運用が破綻しやすいのが難点です。

パターン2：既存システムに保存・検索機能を追加する

受発注システムや販売管理システムで取引先から届くデータを扱っている場合は、そのシステムに「受け取ったPDFやデータを取引に紐づけて保存する機能」「取引年月日・金額・取引先で検索する機能」「訂正削除の履歴を残す機能」を追加する方法があります。業務の流れを変えずに、普段使っている画面の中で保存が完了するのが大きな利点です。

パターン3：保存専用のシステムと連携する

電子取引の保存に対応した文書管理システムやクラウドストレージを導入し、既存システムとAPIなどで連携する方法です。既存システムの改修を連携部分に絞れる一方、利用料が継続的にかかり、二重入力にならない連携設計が必要になります。

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帳簿・スキャナ保存までシステム化する場合の注意点

任意の制度ですが、帳簿の電子保存やスキャナ保存まで対応すると、紙の保管コストを大きく減らせます。システム改修で押さえるべき要件は次のとおりです。

なお、電子帳簿として保存できるのは、最初の記録段階から一貫してパソコンで作成した帳簿に限られます。自社開発の販売管理システムで帳簿を出力している場合、優良な電子帳簿の要件を満たすには訂正削除の履歴管理などを作り込む必要があり、改修の範囲が大きくなりがちです。

電子帳簿保存法対応のシステム改修の進め方

1. 対象書類と経路の棚卸し請求書・注文書・見積書・領収書などを、受け取り方（紙・メール・Web・EDI）別に一覧にします。
2. 対応方針の決定規程で対応する範囲、システムで対応する範囲、帳簿やスキャナ保存まで対応するかを決めます。顧問税理士とも方針を共有します。
3. 要件定義保存する項目、検索条件、権限、履歴の残し方、保存期間を決め、既存システムの改修範囲を確定します。
4. 設計・開発・テスト保存・検索機能の開発、既存データとの紐づけ、外部サービスとの連携を行い、税務調査を想定した検索・出力のテストをします。
5. 運用ルールの整備・教育事務処理規程やマニュアルを整え、担当者が迷わず保存できるよう周知します。

システム改修の費用の目安

改修費用は、既存システムの作りや対象書類の量で大きく変わります。以下は一般的な目安です。

上記はあくまで目安で、古いシステムで改修が難しい場合や、データの持ち方を大きく変える必要がある場合はさらに費用がかかります。改修を機に、紙の業務そのものを見直すと投資効果が高まります。

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また、デジタル化・AI導入補助金などの補助制度で、対象となるツールの導入費用の一部が補助される場合もあります。対象となる経費や要件は年度によって変わるため、最新の公募要領を確認してください。

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よくある質問

まとめ

電子帳簿保存法への対応は、義務である電子取引データの保存を確実に行うことが第一歩です。真実性と可視性の要件を理解したうえで、規程で対応する範囲、既存システムを改修する範囲、保存システムと連携する範囲を整理すれば、必要以上の投資を避けられます。書類の受け取り経路の棚卸しから始め、業務の流れに組み込まれた無理のない保存の仕組みを作りましょう。税務上の判断は顧問税理士に確認してください。

参考：国税庁「電子帳簿保存法関係」、国税庁「電子帳簿保存法一問一答（Q&A）」（2026年10月時点）