東京都でシステム開発に使える助成金｜DX推進助成金などの対象と申請の流れ【2026年版】

「東京都のDX推進助成金を使ってシステム開発をしたい」「東京都 DX 助成金にはどんな制度があるのか知りたい」――都内の中小企業から、こうした相談が増えています。東京都と東京都中小企業振興公社（以下、公社）は、国の補助金とは別に、デジタル化やシステム導入を支援する独自の助成金を用意していますが、制度の名前や仕組みが年度ごとに変わるため、最新の状況がわかりにくいのが実情です。

この記事では、2026年10月時点で公社の公式サイトで確認できる東京都の主な制度（DX推進トータルサポート事業、DX推進助成金、中小企業デジタル導入促進補助事業）について、対象・助成率・上限額・募集状況と、システム開発に使うときの申請の流れ、注意点を整理します。

東京都のDX推進助成金とは

東京都のDX推進助成金とは、都内の中小企業がデジタル技術を導入して業務の効率化や事業の変革に取り組む際、その費用の一部を東京都・公社が助成する制度の総称として使われることが多い言葉です。正式には年度ごとに事業名が異なり、2026年度は公社が実施する「DX推進トータルサポート事業」が中心的な制度になっています。

東京都の制度の大きな特徴は、専門家（アドバイザー）による支援と助成金がセットになっていることです。いきなり助成金を申請するのではなく、まずアドバイザーが企業を訪問して課題を整理し、導入計画をまとめた「提案書」を作成します。この提案書に基づいて機器やシステムを導入する場合に、助成金を申請できる仕組みです。

DX推進トータルサポート事業の対象と助成内容

DX推進トータルサポート事業は、ICT・IoT・AI・ロボットなどのデジタル技術を活用して企業変革や生産性向上に取り組む都内中小企業に、アドバイザーを派遣して課題の抽出から導入計画の策定、導入後のフォローまでを支援する事業です。支援を受けた企業は、アドバイザーの提案書に基づいて助成金（DX推進トータルサポート助成金）を申請できます。

対象となる企業

公社の案内では、主に次の要件をすべて満たす企業が対象とされています。

• 所在地：東京都内に登記簿上の本店または支店があり、都内で実質的に事業を行っていること
• 企業規模：中小企業基本法に定める中小企業者または個人事業主であること（いわゆる「みなし大企業」は除く）
• 書類：申請に必要な書類をすべて提出できること
• 賃金引上げ：DXステップアップ・DXアドバンスコースは、支援期間中に賃金引上げ計画を策定することが要件

また募集要項では、事業を1年以上継続していない場合や、単なるツール導入や助成金の受給だけが目的の場合などは支援の対象外になると示されています。

コース別の助成率と上限額

助成限度額の下限はいずれも30万円、助成対象期間は2年間と案内されています（2026年10月時点）。助成率の適用条件や「大幅賃上げ企業」の定義など細かな条件は、公社の募集要項で必ず確認してください。

募集状況（2026年10月時点）

公社の公式サイトによると、DXステップアップ・DXアドバンスコースとAI活用コースは2026年4月6日から5月8日まで申込を受け付け、予定件数に達したため2026年度の募集は終了しています。生産性向上コースは第1回の募集が終了し、第2回が2026年10月1日から受付中で、定員に達し次第終了すると案内されています。第2回の支援期間は支援決定日から2028年（令和10年）2月末までです。

なお、アドバイザーによる提案書の作成には最低3か月程度かかるとされており、助成金を申請できるのはその後になります。来年度以降の募集の有無や時期は、2026年10月時点では確認できていないため、公社の発表を確認してください。

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DX推進助成金と中小企業デジタル導入促進補助事業

DX推進助成金（前身事業の利用企業向け）

「DX推進助成金」は、前身の「DX推進支援事業」でアドバイザーの支援を受け、提案書に基づいて機器・システムなどの導入を検討している都内中小企業者等を対象とした助成金です。公社のサイトでは、DX推進支援事業の新規採択は終了していると案内されています。つまり、これから初めて支援を受ける企業は、DX推進トータルサポート事業のほうが窓口になります。

令和8年度第1回募集は、申請期間が2026年6月9日から6月23日まで（事前予約は5月15日から6月16日まで）で、すでに終了しています。助成限度額は3,000万円（下限30万円）、助成対象期間は2026年10月1日から2027年9月30日までです。対象経費の区分として、機器・ロボット導入費、システム構築費、ソフトウェア導入費、クラウド利用費、データ分析費が示されています。

中小企業デジタル導入促進補助事業（クラウドツール向け）

比較的小規模なデジタル化には、公社の「中小企業デジタル導入促進補助事業」があります。新たに導入するクラウド型会計ソフトや業務自動化ツールなどの費用と、その初期設定・カスタマイズ・運用保守サポートの費用が対象です。パソコンやタブレットなどのハード機器、OSやセキュリティソフト、表計算・文書作成ソフトなど汎用性の高いソフトウェアは対象外とされています。

この制度は既製のデジタルツールの導入を想定した内容です。自社専用にゼロから作るスクラッチ開発が対象になるかどうかは公式の案内では明示されていないため、検討する場合は募集要項や公社の窓口で確認してください。

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システム開発に東京都の助成金を使う流れ

DX推進トータルサポート事業を利用してシステム開発を行う場合、一般的には次のような流れになります。開発会社に依頼する前に、アドバイザー支援を受ける段階から始まる点が国の補助金との大きな違いです。

1. 無料相談・情報収集公社のデジタル推進巡回員による無料相談は随時受け付けています。自社の課題とコースの選び方を確認します。
2. コースへの申込・書類審査募集期間中に申込フォームから申し込み、書類審査を受けます。
3. 現地調査・診断アドバイザーが最大2回訪問し、経営方針や社内体制、現場の状況を確認します。
4. アドバイザー支援・提案書の作成課題の整理、解決策の検討、導入計画の策定を行い、提案書が作成されます。最低3か月程度かかります。
5. 助成金の申請・交付決定提案書に基づき、導入するシステムの見積もりなどを添えて助成金を申請し、審査を経て交付決定を受けます。
6. 導入・実績報告・助成金の受け取りシステムを導入して費用を支払い、実績報告と検査を経て助成金が支払われます。

システム開発で活用するときのポイント

• 提案書の内容と開発範囲をそろえる：助成金は提案書に基づく導入が前提です。アドバイザーとの検討段階から、どの業務をどうシステム化するかを具体的にしておくと、開発の見積もりもぶれにくくなります。
• 対象経費の区分を確認する：システム構築費やクラウド利用費などがどの区分で扱われるか、保守費や社内人件費が対象になるかは、年度の募集要項で確認します。
• スケジュールに余裕を持つ：提案書の作成と審査に時間がかかるため、システムの稼働時期から逆算して早めに動き出します。
• 会計処理を確認する：助成金の収益計上や、助成金で取得したソフトウェアの資産計上の扱いは、顧問税理士に確認してください。

東京都の制度と国の補助金の使い分け

東京都の制度が使えないタイミングや、要件が合わない場合は、国の補助金も選択肢になります。2026年度は、旧IT導入補助金にあたる「デジタル化・AI導入補助金」や、ものづくり補助金と新事業進出補助金を統合した「新事業進出・ものづくり補助金」などがあります。

目安として、都内で事業をしていて課題の整理から専門家の支援を受けながら計画的にDXを進めたい場合は東京都の制度、東京都の募集が終了しているときや登録済みのITツールを短期間で導入したい場合はデジタル化・AI導入補助金、新事業や新製品の開発と一体でシステムを作る場合は新事業進出・ものづくり補助金、という使い分けが考えられます。

同じ経費に対して複数の補助金・助成金を重ねて受け取ることは、一般に認められていません。併用を考える場合は、それぞれの募集要項で重複の扱いを確認しましょう。

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よくある質問

まとめ

2026年度の東京都でシステム開発に使える代表的な制度は、公社の「DX推進トータルサポート事業」です。アドバイザーの支援を受けて提案書を作成し、その内容に基づいて最大1,500万〜3,000万円（大幅賃上げ企業はさらに増額）の助成金を申請する仕組みで、2026年10月時点では生産性向上コースの第2回が受付中です。クラウドツールの導入なら中小企業デジタル導入促進補助事業も候補になります。制度の内容や募集状況は変わるため、公式の募集要項を確認し、システムの稼働時期から逆算して早めに準備を始めましょう。

参考：東京都「DX推進トータルサポート事業」報道発表（2026年3月）／東京都中小企業振興公社「DX推進トータルサポート事業」／東京都中小企業振興公社「DX推進トータルサポート助成金」／東京都中小企業振興公社「DX推進助成金」／東京都中小企業振興公社「中小企業デジタル導入促進補助事業」